Az országos intézetek az ÁNTSZ Országos Tisztifőorvosi Hivatalának szakmai-módszertani, tudományos kutatási, képzési, továbbképzési, nyilvántartási, koordinálási, szakmai és szakértői feladatokat ellátó szervei. Az országos intézetek a jogszabályokban, valamint az alapító okiratukban foglalt feladatokat látják el.

Az egészségügyi ágazat háttérintézményeinek átalakítását követően, 2015. március 1. napjától az Országos Tisztifőorvosi Hivatal országos intézetei:

Egészségügyi Készletgazdálkodási Intézet (EKI)

Nemzeti Egészségfejlesztési Intézet (NEFI)
A NEFI integrálta az alábbi országos intézeteket
Országos Alapellátási Intézet (OALI)
Országos Egészségfejlesztési Intézet (OEFI)
Országos Gyermekegészségügyi Intézet (OGYEI)

Országos Epidemiológiai Központ (OEK)

Országos Közegészségügyi Központ (OKK)
Az OKK integrálta az alábbi országos intézeteket
Országos „Frederic Joliot-Curie” Sugárbiológiai és Sugáregészségügyi Kutató Intézet (OSSKI)
Országos Kémiai Biztonsági Intézet (OKBI)
Országos Környezetegészségügyi Intézet (OKI)